在红警3中，对付日本海军可以采取以下方法：
1. 建造反潜船：日本海军以潜艇为主要作战武器，因此建造反潜船能有效地对付其潜艇部队。在建造反潜船的同时，也可以建造一些水面艇和辅助船只，如修船舰等，以保障反潜船的作战效果。
2. 应用空中力量：建造飞机并使用空袭能对付日本海军。其中，轰炸机和鱼雷轰炸机是比较好的选择，可以摧毁日本海军的航母和各类战舰，打击其舰队的战斗力。同时，也需注意保障自己的空中力量，建造防空塔和地空导弹站等设施，以对抗日本空军的进攻。
3. 利用地面部队：建立陆军基地和船坞，制造装甲部队和水陆两栖部队，配合反潜船和空中力量，发起陆战和水面战斗，压制日本海军的威胁。同时，要善于利用地形和险要处，突袭和侵袭敌方舰队。
4. 发展科技和经济：鼓励科技研发和资源开采，提高战斗力和经济实力，建造更为高级的船只和武器，如核动力潜艇、反舰导弹等，以示威慑和攻击日本海军。此外，也需保障自身发展的安全，加强防线的建设，避免日方对其领土和资源的侵略。
综上所述，对付日本海军需要从多个角度出发，注重协同作战和科技发展，切断其作战链条，瓦解其战斗力，最终取得胜利。
