红警3的故事情节发生在一个虚构的时间线中，以苏联、盟军和帝国三个势力为核心展开。在游戏中，三个势力彼此之间的关系极为错综复杂，以至于整个游戏的主线剧情都被这种关系所主导。在游戏的前两个章节中，我们跟随苏联的故事剧情，了解到苏联帝国计划使用时间机器来改变历史的进程，以此达到扩张实力的目的。我们也发现了苏联的计划在利用历史干扰造成的时间裂痕时出了问题，导致许多新的对手出现在了我们的故事中。
慢慢的，游戏的故事线变得越来越混乱和错综复杂。我们见到了英国间谍波尔切夫斯基和苏联特工崔佛——两个人物在整个游戏故事中显得格外重要。我们也看到了苏联帝国在计划的执行中瞬间失去控制，随后跌入深渊的情景。这些故事情节都在为我们揭示整个游戏剧情的主线：一个战争中的时空乱流，带给了我们三个势力的巨大改变和挑战。
然而，这并没有让游戏不再有剧情，或者剧情匮乏。相反，这种错综复杂的情节反而为整个游戏带来了多层次的情节构建和丰富感。处处披荆斩棘的故事情节、精心设计的场景设置、和各种角色之间的互动，都为玩家提供了极为丰富的游戏体验。在这种大舞台所展开的过程中，玩家可以探索和了解每个角色的个性特点和出奇不意的历史性思考。这样的深度游戏剧情，让玩家更容易沉浸到游戏主题之中。
