《红色警戒2》的故事发生在苏联瓦解后的未来时代，讲述了苏联和美国在全球各地展开战争的故事。游戏故事的时间线具体可以分为以下几个阶段：
首先是苏联的阶段。苏联总理亚历山大·罗曼诺夫有一位心腹将军瓦西里·格鲁科夫誓言要让苏联重现昔日荣耀。于是他通过掌控沙漠中的一座巨大天气控制器，制造出了连绵不断的风暴，使美国太平洋舰队在夏威夷被摧毁。接着格鲁科夫派出苏联红军进攻了欧洲，他们先是在德国和波兰等地占领了一些军事基地，接着又发动了总部设在伦敦的欧洲同盟，占领了法国、意大利和英国等重要国家。
之后是美国的故事线。美国总统认为苏联的行为是威胁到美国安全的，于是美国军方决定展开反击。首先他们在旧金山修建了一个新的航天港口，然后在迈阿密间谍团队发现了这座巨型天气控制器的存在，并派出了最精英的队伍前往拯救。他们经过了繁琐的战斗，成功地摧毁了苏联的天气控制器。接着美军在全球各地的战场上占领了苏联领土，结束了这场战争。
总之，《红色警戒2》剧情的时间线非常激动人心，游戏玩家的任务是控制自己的部队在不同的地区执行各种任务。视角会在美军和苏军之间切换，展现不同角度的军事行动。游戏也有一个不可思议的“天才科学家”菲兹托夫博士，他为两个阵营提供了重要的技术支持，使两方都能研发出更先进的武器和战术，游戏的多元性也得到了大幅增强。
