在红警3中，对付日本协议可以采取以下策略：
1. 利用地形：日本协议的武器系统以移动速度快闻名，但是其火力较为分散，攻击范围也比较狭窄。因此，在地形复杂的地方，比如说山地、森林或者城市街区，可以利用地形来限制日本协议的行动和攻击。
2. 制造混乱：可以通过使用电磁脉冲、神经突击队、氢弹等武器来干扰日本协议的通信和控制系统，造成其混乱，从而降低其战斗力。
3. 发动猛攻：日本协议在防御方面较为薄弱，而且其兵种的装甲也相对较轻。因此，可以派遣大量垃圾兵种或者特种部队进行猛攻，尽可能的损失对手的战斗力。
4. 安排伏击：日本协议以移动速度快作为优势，因此可以在其行进路线上进行伏击，比如说利用橡胶筏、直升机等交通工具进行突袭，让其始料不及。
5. 制造经济困境：日本协议的经济体系相对较为单一，过度依赖科技和装备的发展。因此，可以采取精心规划的经济战略，比如说压缩其经济来源或者攻击其重要资源点，让其经济陷入困境。
综上所述，对付日本协议需要综合考虑多种策略，尽可能的削弱其战斗力、降低其经济实力、制造混乱等等，才能够在游戏中获得胜利。
