红警3只能小窗口运行的原因主要是因为游戏设定中默认分辨率较低。游戏的开发商Westwood Studios在开发时可能为了满足更广泛的硬件支持，将游戏的分辨率设置得较低。另外也有部分玩家指出，游戏在大屏幕上运行时往往出现失真、变形等问题，开发商为了保障游戏的精度和体验，可能选择了更小的分辨率。
不过，如果玩家想要在全屏幕上运行游戏，也可以通过调整游戏配置文件的方法进行设置。具体方法如下：
步骤一：找到游戏文件夹
首先需要找到存放红警3游戏的文件夹，在硬盘中找到游戏安装路径下的“Red Alert 3”的文件夹，一般情况下是存放在“C:\Program Files\EA Games”路径下。
步骤二：打开游戏配置文件
在“Red Alert 3”文件夹中找到名为“RA3_1.0_Game.dat”的文件，然后将其复制到其他地方，在复制后的文件中进行修改，以防止意外。
用记事本打开“RA3_1.0_Game.dat”文件，搜索“Windowed”字段，可以看到默认设置“Windowed = Yes”，这代表着游戏默认是小窗口运行。
步骤三：进行游戏设置
将其中的“Yes”改为“No”，保存并关闭配置文件，重新启动游戏即可实现全屏运行。
总结：
红警3只能小窗口运行的原因主要是游戏默认设置分辨率较低，但是玩家通过修改游戏配置文件，将默认的小窗口设置修改为全屏设置后，即可进行全屏运行。
