魔力宝贝系统的互通性主要涉及两个方面，一是游戏内部各种系统之间的互通，二是不同版本游戏之间的互通。
在游戏内部，魔力宝贝系统之间的互通性非常高。不同的魔力宝贝可以进行交换、进化、合成等操作，玩家可以根据自己的需要进行选择。此外，在战斗系统中，魔力宝贝的属性和能力之间也存在相互影响和互通，例如不同属性的魔力宝贝之间存在相克关系，合理搭配与充分利用不同魔力宝贝的能力是玩家取胜的关键之一。因此，魔力宝贝系统在游戏内部是互通的，玩家可以通过多种方式对其进行交互。
对于不同版本游戏之间的互通性，魔力宝贝系统可以分为同一平台和不同平台两种情况。
在同一平台上，不同版本的魔力宝贝游戏一般都是可以互通的。玩家可以通过制定相应的规则进行交换、进化、合成等操作。比如同一平台的不同版本可以使用交换码进行交流，或者通过各种社交平台建立交流群体，玩家之间通过这些渠道可以进行互通。
在不同平台上，不同版本的魔力宝贝游戏之间的互通性就要受到限制。不同平台的魔力宝贝游戏之间的系统架构和编程语言等有很大不同，因此彼此之间的互通就比较困难。但是，随着互联网的快速发展，越来越多的游戏平台开始支持跨平台互通，这也为不同版本的魔力宝贝游戏之间的互通打开了一个全新的可能性。
总的来说，魔力宝贝系统在游戏内部之间的互通性非常高，玩家可以通过多种方式对其进行交互。而在不同平台之间进行互通会受到一定限制，但随着技术的发展，这个问题也会逐渐得到缓解和解决。
