进入红警3总部后，如果发现有间谍潜伏在内部，需要采取有效措施来处理。以下是一些可能的方法：
1. 识别间谍：首先需要确认谁是间谍。可能的方法包括：监控通信、观察行为、对疑点人员进行背景调查等。一旦确定了间谍的身份，就可以采取针对性措施。
2. 隔离：一旦间谍被确定，需要将其与其他人员隔离开来，防止其继续泄露机密或对组织进行破坏。隔离可以通过在总部内开辟一个特殊区域或将其单独关押来实现。
3. 暴露：对间谍进行揭露能够帮助组织和其他人员提高警惕。可以通过向其他人员透露信息或公开揭露的方式进行。
4. 打击：如果间谍的行为已经达到危害组织或国家安全的程度，可能需要采取打击行动，比如将其逮捕或驱逐出境。
5. 加强安全：为了防止类似事件再次发生，需要加强总部的安全措施。可以通过制定更严格的入职审查、加强对员工的背景调查、限制敏感信息的访问等方式来实现。
6. 建立反间谍机制：组织可以建立一套反间谍机制，包括培训员工识别间谍、制定应对措施、建立监测机制等，以提高总部的安全性。
总之，间谍是对组织和国家安全构成极大威胁的一类人员，需要采取有效措施加以处理。这需要有组织和个人的共同努力，才能更好地保障总部和国家的安全。
